天照暦元年１２月３１日大晦日の日に日本国史上最大の事件が起こる。

天照暦元年日本国最大の陥落できなかった最凶のKGUが落ちた。死傷者一億四千五百万人の命が失った。＊生存者が後のCODE:ZEROの創始である。

この無謀な革命はそれ以降「血の時代」と呼び、その時代に生を受けた者を「血の世代」と言う。この戦は「乱世」の始まりにしか過ぎない。

CODEを生まれつき持つ者とそうで無いものと分断されて、この物語は平穏に暮らして何も取り柄の無い大学生がその騒乱に飲み込まれて成長していき、やがて世界史上最凶最悪のCODEエンペラーに成っていく男とKGUの運命の物語である。

　時に、平成が終わり大学も群雄割拠の戦国時代で生き残りが激しい中、KGUは、日本最期の国史を貫き通し、史上最大の革命と言われる戦に、人類は振るい上がり立ち向かい、CODEに負けた。そして、我々はその証として《CODE激戦地》の黒門に、銃弾の弾痕や血染めの血痕などが残っている。刀傷や、槍傷などの残り痛々しい姿で、倉田山に聳える大学が「KGU」。創立２５０周年目。

人類が学ぶ学問の場であるが、最近CODEとの戦いに破られ現在MCO(三重特殊能力機関)の支配下で人々は学んでいる。

　人知れず闇に紛れそのサークルはCODEを使いこの地域を護りKGUの盾として存在していた。その研究室には空席の円卓がある。十二の選ばれた者が座り、KGUを背負い戦う者を捜していた。「KGU」には、五賢帝が居る。四人のCODEと一人はCODEを無効にして特異点であるが、無に還したCODEを刀に納めて放つとその威力は、日本がぶっ飛ぶと言われるくらいの実力。